A rehabilitációjával kapcsolatos huzavonáról a Wikipedia róla szóló szócikkéből kapunk képet:
Rehabilitáció[szerkesztés]
A leánya, Esterházy-Malfatti Alice, a szlovákiai magyar kisebbség képviselői, a Magyarok Világszövetsége és a magyar kormány támogatásával 1989. november óta igyekszik elérni, hogy Esterházy Jánost Szlovákiában rehabilitálják. Ez máig nem sikerült. 1993-ban Göncz Árpádakkori köztársasági elnök kérésére az orosz legfelsőbb bíróság Esterházy ítéletét semmisnek mondta ki, s rehabilitálta őt. Ez azonban Csehországban és Szlovákiában mind a mai napig nem történt meg, hivatalosan továbbra is háborús bűnös. A lánya 1994-ben kérelmezte az eljárás megújítását, de a bíróság ezt szlovák és cseh történészek szakmai ítéletére hivatkozva elutasította. Esterházy János születésének századik évfordulója alkalmából, 2001. március 11-énünnepi gyűlést tartott tiszteletére a magyar parlament az akkori államelnök, Mádl Ferencrészvétével. 2007. április 20-án Sólyom László köztársasági elnök újra rehabilitálást sürgette egy konferencián, amelyet a Magyar Tudományos Akadémia szervezett a gróf halálának évfordulója alkalmából. "Hogy néz az ki, hogy mindenki tisztel egy háborús bűnöst, hivatalosan politikusok kiállnak mellette, ugyanakkor ő jogilag és papíron még mindig a lehető legsúlyosabb elítélést hordozza magán" – mondta az elnök.[4]
